Sequenzierung & Genomik

Verschlüsselt in der DNA enthält jede Zelle eines menschlichen Körpers die gesamte genomische Information dieser Person. Dies gilt auch für Tumorzellen. Äußere Einflüsse können das Auftreten von kleinen oder großen Variationen im Genom bewirken. Die Identifizierung dieser individuellen Veränderungen bei jedem Patienten kann helfen, die zugrundeliegende Krankheitsursache zu ermitteln und die Entwicklung personalisierter Therapien zu unterstützen.

TRON verfügt über neueste Next Generation Sequencing (NGS)-Technologien, die DNA- und RNA-Sequenzierung im Hochdurchsatz ermöglichen. Zu unseren Sequenziermöglichkeiten gehören Exom-Sequenzierung, RNA-Seq, Genom-Sequenzierung, miRNA-Seq, gezielte Resequenzierung und T-Zell-Rezeptor-Sequenzierung.

Unsere Wissenschaftler haben speziell angepasste Protokolle zur Probenvorbereitung (z. B. formalinfixierte und in Paraffin eingebettete (FFPE) Gewebeproben) für die Sequenzierung auf unseren Plattformen von Illumina (NovaSeq6000, HiSeq2500, MiSeq) und Oxford Nanopore Technologies (MinIon) entwickelt.

Zusätzlich zu den traditionellen Bulk-Sequenzierungsansätzen haben wir die Technologien für die Hochdurchsatz-Sequenzierung von Einzelzellen mit dem 10x Genomics® Chromium™-System angepasst. Die Einzelzellsequenzierung hat den Vorteil, Heterogenität zwischen einzelnen Zellen zu erkennen, komplexe und seltene Zellpopulationen aufzudecken und ein besseres Verständnis des Krankheitszustands auf zellulärer Ebene zu ermöglichen.

Alle Methoden sind als Standardarbeitsanweisungen (SOPs) als Bestandteil unseres internen Qualitätsmanagementsystems etabliert.

Tools & Plattformen

  • Illumina NovaSeq6000

    ©Illumina

  • Illumina MiSeq

    ©Illumina

  • Illumina HiSeq2500

    ©Illumina

  • Oxford Nanopore MinION

    ©Oxford Nanopore

  • 10x Genomics® Chromium™ Controller

    ©10x Genomics

Schlüsselpublikationen

  • Sethi R, Becker J, de Graaf J, Löwer M, Suchan M, Sahin U, Weber D. (2020) Integrative analysis of structural variations using short-reads and linked-reads yields highly specific and sensitive predictionsPLoS. Comput. Biol. 16(11):e100839.  DOI; PMID
  • Sahin U, Derhovanessian E, Miller M, Kloke BP, Simon P, Löwer M, Bukur V, Tadmor AD, Luxemburger U, Schrörs B, Omokoko T, Vormehr M, Albrecht C, Paruzynski A, Kuhn AN, Buck J, Heesch S, Schreeb KH, Müller F, Ortseifer I, Vogler I, Godehardt E, Attig S, Rae R, Breitkreuz A, Tolliver C, Suchan M, Martic G, Hohberger A, Sorn P, Diekmann J, Ciesla J, Waksmann O, Kemmer-Brück A, Witt M, Zillgen M, Rothermel A, Kasemann B, Langer D, Bolte S, Diken M, Kreiter S, Nemecek R, Gebhardt C, Grabbe S, Höller C, Utikal J, Huber C, Loquai C, Türeci Ö. (2017) Personalized RNA mutanome vaccines mobilize poly-specific therapeutic immunity against cancer. Nature. 547(7662):222-226. DOI; PUBMED
  • Castle JC, Loewer M, Boegel S, Graaf J de, Bender C, Tadmor AD, Boisguerin V, Bukur T, Sorn P, Paret C, Diken M, Kreiter S, Türeci Ö, Sahin U. (2014) Immunomic, genomic and transcriptomic characterization of CT26 colorectal carcinoma. BMC Genomics. 15:190.  DOI; PUBMED
  • Boegel S, Löwer M, Schäfer M, Bukur T, Graaf J de, Boisguérin V, Türeci O, Diken M, Castle JC, Sahin U. (2012) HLA typing from RNA-Seq sequence reads. Genome Medicine. 4:102. DOI; PUBMED
  • Castle JC, Kreiter S, Diekmann J, Löwer M, van de Roemer, Niels, Graaf J de, Selmi A, Diken M, Boegel S, Paret C, Koslowski M, Kuhn AN, Britten CM, Huber C, Türeci O, Sahin U. (2012) Exploiting the mutanome for tumor vaccination. Cancer Research. 72:1081-1091. DOI; PUBMED

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