Multi-omics characterization of the 4T1 murine mammary gland tumor model

Die murine Mammakarzinom-Zelllinie 4T1 ist ein weit verbreitetes syngenes Tumormodell für humanen Brustkrebs und speziell für dreifach-negativen Brustkrebs (engl.: triple-negative breast cancer, TNBC). Die Profilerstellung von Tumormodellen ist wichtig, um präklinische Befunde angemessen übertragen zu können. Ziel der Autoren war es, die Bewertung von 4T1 als adäquates Brustkrebs- oder sogar TNBC-Modell zu ergänzen.

Die Analyse der Daten aus der Exom-Sequenzierung bestätigte die Ähnlichkeit mit dem menschlichen Brustkrebs in Bezug auf Mutationsrate und Mutationssignaturen. Auch auf der Transkriptionsebene ähnelte 4T1 der menschlichen metastasierenden TNBC und insbesondere dem basal-ähnlichen und immunsupprimierten TNBC-Subtyp. Von 49 ausgewählten Varianten lösten 22 SNVs und eine Deletion, die in 4T1 identifiziert wurden, Immunantworten in immunisierten Mäusen aus.

Die vorgestellten Genom-, Transkriptom- und Immunomdaten können somit als Grundlage für weitere Studien dienen und unterstützen das rationale Design präklinischer Studien mit einem wichtigen und etablierten Tumormodell. Die generierten NGS-Daten sind im European Nucleotide Archive (PRJEB36287) öffentlich zugänglich.

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