TRON Translational Oncology Mainz | Connecting Competence

Das TRON gratuliert seinem Kooperationspartner BioNTech SE zum erfolgreichen Börsengang.

Nach dem Healthcare Hackathon an der Uni-Medizin Mainz ging es am 2. und 3. September in Berlin in die nächste Runde. Insgesamt nahmen 24 interdisziplinäre Teams an diesem lockeren Wettstreit teil, um im Rahmen ihrer Projekte technologiebasierte Lösungen für die medizinische Anwendung und Versorgung zu entwickeln.

Auch das TRON war mit Jonas Ibn-Salem beim Healthcare Hackathon in Berlin vertreten. Er arbeitete wieder gemeinsam mit den Experten von IBM, Garmin, BioNTech und der Uni-Medizin Mainz an dem bereits beim Healthcare Hackathon in Mainz gestarteten Projekt zur verbesserten Vor- und Nachsorge der Patienten nach einer Hüft oder Knie Operation. Mit Daten aus Smart-Watches wurden Bewegungsprofile vor und nach dem operativen Eingriff erstellt, die es Ärzten, Therapeuten sowie den Patienten selbst erleichtern sollen die Genesung objektiv zu überwachen.

Das Team wurde für ihre Idee und Arbeit am Ende des Healthcare Hackathons in Berlin mit einem Preis ausgezeichnet.

TRON freut sich, einen Artikel in der Zeitschrift Bioinformatics bekannt zu geben. Der Erstautor Patrick Sorn teilt dazu diesen Kommentar. Fusionsgene, die aus größeren chromosomalen Neuanordnungen resultieren, können eine wichtige Rolle bei der Entstehung von Krebs spielen. Die Untersuchung solcher Ereignisse ist daher nicht nur für das Verständnis der Krebsbiologie unerlässlich, sondern kann auch zur Identifizierung therapeutischer Ziele beitragen. Leider kann die Leistung bestehender Fusionsdetektionswerkzeuge aufgrund des Fehlens bekannter Fusionsereignisse nicht bewertet werden. In der Vergangenheit wurden simulierte Sequenzen verwendet, die solche Fusionsereignisse auf dem Genom abbilden sollten, um die Leistung der Software zu beurteilen. Die Simulation kann jedoch nicht die biologische Komplexität von RNA-Seq-Daten widerspiegeln. In diesem Artikel stellen wir ein Verfahren zur Einführung künstlicher Fusionsereignisse in die chromosomalen Sequenzen des menschlichen Referenzgenoms vor. Mit einem speziellen Satz von Tools zur Fusionserkennung auf MCF7-Proben verglichen wir unseren Ansatz mit simulierten Daten und zeigen, dass nur unser Tool ArtiFuse die biologische Vielfalt der Sequenzierungsdaten beinhaltet. Der ArtiFuse-Ansatz kann verwendet werden, um die Leistung veröffentlichter Fusionserkennungssoftware zu bewerten und hilft, ein Repertoire an hochwertigen Werkzeugen für anstehende Analysen aufzubauen.  Der Artikel kann hier gelesen werden.

TRON freut sich, einen Artikel in Oncoimmunology veröffentlicht zu haben.  TRON Co-Autorin Nadja Salomon teilt diesen Autorenkommentar.

HPV16-Infektionen sind mit einer Vielzahl von Krebsarten verbunden, und es gibt überzeugende Beweise dafür, dass die transformierende Aktivität von HPV16 entscheidend von der Expression der viralen Onkoproteine E6 und E7 abhängt. Therapeutische Krebsimpfstoffe, die in der Lage sind, eine dauerhafte und spezifische Immunität gegen diese HPV16-Antigene zu erzeugen, sind vielversprechend für eine langfristige Krankheitsbekämpfung bei HPV16-positiven Kopf-Hals-Tumorerkrankungen.

In diesem Artikel berichten wir über die präklinische Entwicklung von HPV16-Impfstoffen auf Basis der RNA-LPX-Plattform unseres Kooperationspartners BioNTech. Wir beschreiben das Design, das Entzündungsprofil, das anschließende T-Zell-Priming und die antitumorale Wirkung des HPV16 E7 RNA-LPX-Impfstoffs in naiven oder HPV16-positiven TC-1- und C3-tumortragenden C57BL76-Mäusen. Wir berichten über starke antitumorale Effekte von HPV16 RNA-LPX allein oder in Kombination mit einem Anti-PD-L1 Immun-Checkpointhemmer. Diese Ergebnisse führten zur Untersuchung eines HPV16 E6/E7-Impfstoffs in einer Phase I-Studie bei HPV-getriebenen Plattenepithelkarzinomen (NCT03418480).

Die Untersuchung von RNA-basierten HPV-Impfstoffen wurde zunächst im Rahmen des EU-Projekts "IACT" gestartet. Ich bin begeistert zu sehen, wie der Impfstoff in der Klinik funktioniert, insbesondere, ob eine starke anti-tumorale Immunität durch HPV16 E6/E7 RNA-LPX gegen bestehende Neoplasien induziert wird.

Der Artikel kann hier eingesehen werden.

Beim Healthcare Hackathon an der Uni-Medizin Mainz trafen Fachexperten aus dem Bereich Pflege und Gesundheit mit Startups, Programmierern, und Industriepartnern zusammen. In interdisziplinär-gemischten Teams wurden Technologiebasierte Lösungen entwickelt für praktische Herausforderungen in Klinik und Pflege. Für TRON nahm Jonas Ibn-Salem am Hackathon teil und arbeitete mit Experten von IBM, Garmin, BioNTech und der Uni Medizin an einer verbesserten Nachsorge nach Hüft und Knie Operationen. Mit Daten aus Smart-Watches wurden Bewegungsprofile von Patienten erstellt die es Ärzten, Therapeuten sowie den Patienten selbst erleichtern die Genesung objektiv zu überwachen. Das Team qualifizierte sich für eine Fortführung der Arbeit bei einem weitern Healthcare Hackathon im September in Berlin.

Weitere Informationen können Sie auf der Webseite der Organisatoren finden.

Auf der Jahrestagung der Association for Cancer Immunotherapy (CIMT) 2019 wurden sechs Wissenschaftler mit dem CIMT Poster Award ausgezeichnet. Thomas Rösler, ein Wissenschaftler des TRON, gewann den Preis in der Kategorie ‚Therapeutic Vaccination‘ für seine Arbeit ‚Modelling immunogenicity with omics data integration‘ (Abstract 37). Dabei präsentierte er seinen Algorithmus TOPAZ, der Kandidaten für die Krebsimmuntherapie definiert. Dabei werden potentielle HLA Klasse I- und Klasse II-Peptide auf Grundlage von mutierten Antigenen vorhergesagt.

Wir gratulieren Thomas und allen anderen Preisträgern. Weitere Informationen finden Sie unter meeting.cimt.eu